而在健保统筹规划下，台湾医疗体系区分为医学中心、区域医院、地区医院与诊所四级单位。一般医院为顺应医疗大环境现况，克服健保给付限制与提高医疗质量，大都师法医疗先进国家经验，强调以医院企业管理运营方法，以期在有限资源内，朝提高质量、降低成本的方向迈进，并藉此提振医院竞争力与生存契机。所以为提高医疗作业流程与效率、加速掌握医院收入正确信息，以作为医院运营决策依据，各级医疗院所也就普遍跟随着健保的脚步，摆脱以往运用大量人力执行运算统计功能之桎梏，转而运用信息系统来执行日常医务作业，以达成以财务为主导、省时、精确与精细化目的，因此可称之为台湾医疗信息发展史上的第一次革命。

      而在此阶段，随着民众对于医疗质量日益高涨的需求，原卫生署（现改制为卫生福利部）于1998年开始透过专司医院评审与质量管理的财团法人医院评审暨医疗质量策进会（简称医策会），展开对医院医疗质量方面的监控作业。此举不仅让医院开始针对医疗临床指标进行相关数据收集与会同其他医院间相互比较外，另一方面也直接影响到医疗系统数据收集上的完整性与数据关联性。因此也在第一次以财务监管为核心的医疗信息革命中注入了医疗质量的重要元素。

      台湾自1995年实施全民健康保险以来，健保主导了台湾医疗产业的结构变迁与发展；与其他OEDC国家相比，台湾以不到7%GDP的医疗总支出，创造出七成以上的民众满意度。随着台湾教育普及与经济发展，民众对于医疗健康的要求日益重视，同时伴随老龄化的现象，医疗需求也不断提升。因此医疗资源的均衡分配与质量服务的持续提升，也是台湾医疗界所必须继续重视的问题。为了让资源与质量相互支持，台湾在全民健保制度上不断修正与调整使医疗资源做更有效率的配置，并且藉由医院评鉴制度的落实以确保医疗质量与病人安全，同时医院也逐步朝大型化、集团化体系发展更加速区域间的医疗整合，同时也运用策略联盟强化医院体系的竞争力。而在政策上也不断支持医疗人才的培训，以强化人员专业广度与深度的发展，同时透过信息技术的支持，例如医疗云、远距医疗等协助偏远地区的医疗服务活动，缩减医疗资源间的差距，让民众无论在何时、何地均可享受高质量的医疗照护。

      而后，随着病人安全观念日益受到重视，在2002年医策会逐步针对各级医院正式推动台湾医院评鉴的评审制度，此举不仅让台湾医院管理与医疗信息由“点线管理”延伸至“全面管理”，也同时带动医院管理制度间的纵向与横向的串联与协调运作，而医院也因此更着重利用信息化方式以协助管理医院评审与相关管理制度。此阶段可称之为台湾医疗信息发展史上的第二次革命。

      同时，有鉴于医院对于电子病历需求也逐渐萌芽，然而师法国际电子病历发展经验，发现电子病历并非仅仅只是系统或标准的问题，更多关于信息安全与隐私权的管理议题，必须被纳入电子病历发展考虑之中。因此当时台湾卫生福利部邀请众多专家学者针对电子病历的发展召开多次会议，以进行全面性地考虑与规划，此举也带动医院信息往临床应用与决策支持更全面性的泛电子病历的多元化发展。

      整体而言，台湾医院信息化发展过程中，由于医疗环境变迁、保险制度导入、医疗质量与病人安全要求、标准与信息技术推动等关键因素带动下，使医院信息系统的发展过程，历经第一阶段的作业化系统导向、第二阶段的决策性系统支持、第三阶段的质量性系统提升、第四阶段的医疗专业化系统分工等步骤，并透过互连网、硬件与软件技术的提升与局域网络的快速发展，联合形成区域性整合医疗信息网络。也就是台湾医院信息系统的发展方向，朝着作业流程与管理制度整合、质量管理与病人安全汇总、信息软件与硬件网络协作等方向快速前进，并且将重点置于医院与区域性整合的目标上，以达成协助医疗院所间从事更有效率的医疗信息交换、医疗服务沟通、外界信息接受平台、降低管理成本、增进医疗质量等目标发展。

      而目前台湾一般医院信息系统的类别，可包含门诊管理、急诊管理、住院管理、临床路径/DRG管理、电子病历管理、检验信息、放射信息与影像管理、护理信息系统、手术麻醉管理、药局/药库/药品管理、营养管理、加护病房管理、医院行政与财务系统与医院管理平台等应用，同时也透过行动装置与医疗辅助系统让医疗人员或病人能够在更人性化的方式下，提供与接受医疗的完整性照护及信息化所带来的诸多好处。

      而台湾在全民健保开始实施后，医院为追求财务与质量并重的目标，并朝深化质量管理应用的路径前进，自1995年医疗界开始逐步导入了全面质量管理、品管圈、5S等质量管理制度。而进一步在1997年也率先有医院正式通过了ISO9000:1994质量管理体系的认证，进而演变成为全台湾医院管理的风潮。而医策会也透过国际临床质量管理监控指标体系（TQIP）的引入，一方面让医院透过指标监控落实质量管理PDCA持续改进的流程，另一方面也让医院透过指标数据与其他医院相互比较、甚至与国际医院相互评比，进而达到同侪比较的效果。而2002年医院开始正式进入医院评审的年代，不仅带动病人安全观念的落实，更进一步让医院评审与健保的给付相互挂勾，因此医院评审的通过与否，不仅代表医院在医疗质量与病人安全方面的整合性成果，更是医院是否能继续生存与发展的关键。自此时开始无论ISO15189、ISO14001等相关ISO管理标准、平衡计分卡、财务绩效管理、六标准差等也陆续在医院内部推展开来，此现象也让医院管理手法呈雨后春笋般的蓬勃发展。

      另一方面，在医疗流程与医院管理发展过程中，信息系统扮演着重要的支持角色，为了让系统的发展更具备简便性与互操作性，台湾在2000年整合了产官学研的各界菁英正式成立了台湾HL7协会，以国际医疗信息标准角度正式统筹台湾医疗信息标准的发展工作，并逐步展开医疗临床流程、医院管理与医疗信息标准的对接动作，并以管理为基础、流程为架构、信息系统为支撑，迎向台湾医疗、管理与信息全面整合与快速发展的黄金年代。

      至此，由于台湾医疗技术、医院管理与信息技术水平地不断提高，同时医院不断地用心与积极地提升病人满意的服务质量，所以不仅在观念上建立“以病人为中心与病人安全”的医疗服务理念外，对于多元化医院管理理论、标准与方法在医院的引入，更是促使医院快速提升本身运营与质量体质的关键。而台湾医疗界通过引入先进的医院管理新观念与新方法，不断创新及科学改进，不仅提升了医院服务质量及效率，更积累了行业管理经验，同时推动了国际医疗管理与信息交换应用标准的快速发展与广泛应用。另外在以循证医学为基础的医学技术与医学研究上，与加强医院统计技术的应用，已成为提升医疗质量与病人满意服务的另一关键要素。

      HL7Taiwan于2001年成立，并加入国际HL7总会，正式成为分会之一。HL7Taiwan通过定期参与HL7总会每年各工作小组会议，以了解HL7标准发展动态与趋势，同时也引进国际最新HL7标准讯息，协助提升台湾医疗水平与制定人才之国际化专业水平。在过去十多年来，协助拟定台湾HL7标准协议与规格，例如医院间转诊转检、电子病历、药物查验登记审查作业、健保申报、临床试验、医院管理等标准的制定工作外，更积极扮演医疗标准启蒙的角色、透过国际医疗标准研讨会、教育培训及认证考试，协助医疗院所、信息业者及其他研发机构导入、建置与实作HL7标准，更促进了医疗信息标准与管理标准在台湾的整合，协作落实与推动跨区域医疗信息的交流与合作。目前HL7Taiwan正式承接了台湾电子病历办公室的重要工作，除协助台湾医疗院所依据美国HIPAA的架构进行电子病历的交换，以达成台湾电子病历推动与发展的目标，同时也正在进行后续电子病历的应用统筹规划，以加速台湾与区域性的医疗卫生信息化的整体推展。